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Department of Civil and Environmental Engineering 社会環境工学科

坂田 克己(さかた かつみ)

工学部/生命情報学科 教授 H29MarKS (2).pngのサムネイル画像
大学院工学研究科/生命情報学専攻/環境・生命工学専攻

専門分野

生物ネットワーク ゲノム情報

担当授業科目

生命情報学概論 機能ゲノミクス コンピュータグラフィクス
大学院/機能ゲノミクス特論 生命情報学論

私のプロフィール

元々は情報工学分野の技術者、研究者で、博士号もその分野で取得しました。イネゲノム・プロジェクトに参加して以来、生命科学の研究を進め、ゲノム・データベースやアノテーションと呼ばれる配列解析を行うシステムを開発しました。近年では、生物ネットワークを対象に、情報科学や物理学を含めた包括的な視点から研究しています。横浜市出身ですが、茨城県つくば市に8年、前橋に来て8年と北関東圏に縁があり、空気が良く気に入っています。東京の大学・大学院を目指している学生にもこうした教育・研究環境を見直してみることをお勧めします。私の研究室では、学生が参加した研究の成果発表を積極的に行っています(主な業績の論文7,9,10など)。

最終学歴 慶応義塾大学大学院 工学研究科
学 位 博士(工学)
所属学会

日本応用数理学会、日本分子生物学会 

連絡先

E-Mail ksakata@maebashi-it.ac.jp
ホームページ http://www.maebashi-it.ac.jp/~ksakata/
※ メールアドレスをコピーする際は@マークを半角にしてください。

技術相談・講演・共同研究に応じられるテーマ

モデリングとシミュレーション

キーワード

生物ネットワーク

現在取り組んでいる研究内容

遺伝子系、生態系などの生物ネットワークを対象に動特性のモデル化などの研究を行っています。最近は、その研究の基礎になる不可逆過程やカオスなどの情報科学・物理学の領域について学生と一緒に知識の整理を図っています。又、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボロームなどのオーミクスデータから生命機能の解明に繋がる情報を引き出す研究を行っています。例えば、ダイズの湿害応答機構の研究です。植物オーミクスおよび計算機支援創薬の研究では海外の研究機関と協力しています。

主な研究業績

著書

  1. Sakata K., Komatsu S.: Plant proteomics: from genome sequencing to proteome databases and repositories. In Jorrin-Novo et al. eds. Plant proteomics, methods and protocols, second edition. New York, Springer, pp. 29-42 (2014)
  2. Sakata K., Nakamura T., Komatsu S.: Mining knowledge from omics data. In Kishor P.B.K. et al. eds. Agricultural bioinformatics. New York, Springer, pp. 179-187 (2014)

論文

  1. Sakata K., Antonio B.A., Mukai Y., Nagasaki H., Sakai Y., Makino K., Sasaki T.: INE: a rice genome database with an integrated map view. Nucleic Acids Res., 28, 97-101 (2000)
  2. Sakata K., Nagamura Y., Numa H., Antonio B.A., Nagasaki H. et al.: RiceGAAS: an automated annotation system and database for rice genome sequence. Nucleic Acids Res., 30, 98-102 (2002)
  3. Sasaki T., Matsumoto T., Yamamoto K., Sakata K. et al.: The genome sequence and structure of rice chromosome 1. Nature, 420, 312-316 (2002)
  4. Mitsui S., Sakata K., Nobori H., Komatsu S.: A novel metric embedding optimal normalization mechanism for clustering of series data. IEICE Transactions on Information and Systems, E91.D, 2369-2371 (2008)
  5. Sakaka K., Ikawa H., Watanabe H., Ashikawa I., Shimizu Y. et al.: A bioinformatics resource for crop functional genomics: GFSelector module in automated annotation system, RiceGAAS. JARQ, 43, 103-113 (2009)
  6. Sakata K., Ohyanagi H., Nobori H., Nakamura T., Hashiguchi A., Nanjo Y., Mikami Y., Yunokawa H., Komatsuet S.: Soybean Proteome Database: a data resource for plant differential omics. J. Proteome Res., 8, 3539-3548 (2009)
  7. Komatsu S., Shirasaka N., Sakata K.: 'Omics' techniques for identifying flooding-response mechanisms in soybean. J Proteomics. 93, 169-178 (2013)
  8. Sakata K., Ohyanagi H., Sato S., Nobori H., Hayashi A., Ishii H., Daub C.O., Kawai J., Suzuki H., Saito T.: System-wide analysis of the transcriptional network of human myelomonocytic leukemia cells predicts attractor structure and phorbol-ester-induced differentiation and dedifferentiation transitions. Sci Rep., 5:8283 (2015)
  9. Bibi S., Sakata K.: Current status of computer-aided drug design for type 2 diabetes. CCADD. 12, 167-177 (2016)
  10. Sakata K., Saito T., Ohyanagi H., Okumura J., Ishige K., Suzuki H., Nakamura T., Komatsu S.: Loss of variation of state detected in soybean metabolic and human myelomonocytic leukaemia cell transcriptional networks under external stimuli. Sci Rep., 6:35946 (2016)

共同研究

フロリダ農工大学(米国) (研)農業食品産業技術総合研究機構 (研)量子科学技術研究開発機構