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Department of Civil and Environmental Engineering 社会環境工学科

中村 建介(なかむら けんすけ)

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工学部/生命情報学科 教授
大学院工学研究科/生命情報学専攻/環境・生命工学専攻

専門分野 生物情報学 計算機化学 
担当授業科目

プログラミング言語演習IV 生物化学の基礎 情報リテラシー 生物情報解析演習 
大学院/生物情報化学特論

私のプロフィール

有機合成からはじめて、計算機化学、ドラッグデザイン、分子進化解析、シーケンサーデータの解析などに取り組んできました。趣味は散歩と写真と自然観察、多くの生き物を見て多様性を感じるのが楽しみです。

最終学歴 慶応義塾大学大学院 理工学研究科
学 位 博士(理学) 修士(理学)
所属学会

日本化学会 日本バイオインフォマティクス学会 日本農芸化学会 ゲノム微生物学会 日本進化学会

連絡先

E-Mail knakamura@maebashi-it.ac.jp
ホームページ http://www.maebashi-it.ac.jp/~knakamura/
※ メールアドレスをコピーする際は@マークを半角にしてください。

技術相談・講演・共同研究に応じられるテーマ

次世代シーケンサーによる配列データの解析
分子軌道計算・分子力場計算・分子動力学計算などによる計算化学解析
タンパク質の配列および立体構造解析・基質との相互作用の解析

キーワード

バイオインフォマティクス、微生物ゲノム解析、金属タンパク質、理論有機化学、次世代シーケンサ

現在取り組んでいる研究内容

計算機を用いて、様々な角度から生命現象を明らかにして行く研究に取り組んでいます。生命現象のメカニズムを解明してゆく事は、我々の知的好奇心を満たすばかりでなく、医療、農学、新素材、エネルギー生産などへの幅広い応用が期待されています。
次世代シーケンサは、ほんの十年程前には巨大な資金と労力を必要とした塩基配列の解読を、一つの研究室レベルの予算と労力で行う事を可能にしました。しかし次世代シーケンサから得られる塩基配列は大量の断片で、このデータを生物学的に有為な目的に応用するためには、計算機を用いた情報学的な解析が不可欠です。実験グループとの共同により、DNA上のタンパク質認識配列(タンパク質結合領域)解読の為の新しい技術の開発を進めています。また、シーケンサから得られた断片配列を繋ぎ合わせるアセンブルについて、生の実験データから最大限の情報を抽出する為の技術の開発を進めています。
配列情報による分子進化や化合物合成系の解析、タンパク質と化学物質の相互作用を評価するための分子動力学計算など、これまでの手法の改良などを進めながら、生体を構成する化学物質の振る舞いを計算機上で再現し、可視化して行くための新たなフレームワークの構築に取り組んでいます。バイオインフォマティクスの世界では様々なプログラムが公開されており、初心者でも簡単に利用することも出来ますが、自分たちでプログラムを作って行くことで、他の人とは違う視点で現象を眺め、新しい発見につながる様な研究をしたいと考えています。

主な研究業績

論文

1) K.Nakamura and N.Go: Function and molecular evolution of multicopper blue proteins. Cellular and Molecular Life Science Vol.62, pp.2050-2066 (2005)

2) M.Yamada, K.Nakamura, T.Ichinose, A.Itai: Starting Point to Molecular Design: Efficient Automated 3D Model Builder Key3D. Chemical Pharmaceutical Bulletin, Vol.54, No.12, pp.1680-1685 (2006)

3) K.Nakamura, A.Hirai, M.A.-U. Amin, H.Takahashi: MetalMine: a database of functional metal-binding sites in proteins. Plant Biotechnology,Vol.26, pp.517-521(2009)

4) K.Nakamura, T.Oshima, T.Morimoto, S.Ikeda, H. Yoshikawa, Y. Shiwa, M.C.Linak, A.Hirai, H.Takahashi, Md.A-U Amin, N.Ogasawara and S. Kanaya: Sequence-specific error profile of Illumina sequencers, Nucleic Acids Research, Vol.39, No.13,e90 (2011)

5) O. Chumsakul, K. Nakamura, T. Kurata, T. Sakamoto, J.L. Hobson, N.Ogasawara, T.Oshima, S.Ishikawa, "High resolution mapping of in vivo genomic transcription factor binding sites using in situ DNase I footprinting and ChIP-seq", DNA Research dst013 (2013)