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Department of Civil and Environmental Engineering 社会環境工学科

福地 佐斗志(ふくち さとし)

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工学部/生命情報学科 准教授
大学院工学研究科/生命情報学専攻/環境・生命工学専攻

専門分野 計算機生物学、タンパク質情報学
担当授業科目

進化情報学 プロテオミクス プログラム演習Ⅰ 生物情報解析演習
大学院/プロテオミクス特論

私のプロフィール

大学院時代より計算機データベースを用いた生物学研究を行ってきた。私が研究を始めた20年前に比べると、生物学に関連する情報が爆発的に増え、生命情報学という一つの大きな分野を占めるに至っている。有り余る情報をどのように料理し、有用な情報を引き出すかという課題に日々取り組んでいる。

最終学歴 東京理科大学大学院理工学研究科博士課程修了
学 位 博士(理学)
所属学会

日本生物物理学会 日本分子生物学会 日本蛋白質科学会

連絡先

ホームページ http://www.maebashi-it.ac.jp/~sfukuchi/

技術相談・講演・共同研究に応じられるテーマ

タンパク質構造・配列解析、ゲノム情報処理、生命情報データベース構築等

キーワード

バイオインフォマティックス、データベース生物学、プロテオーム情報処理

現在取り組んでいる研究内容

DNAを遺伝情報の貯蔵庫とすると、タンパク質は貯蔵された情報が機能する形で現れたものであり、生体内で様々な働きをする重要な分子である。これまで、タンパク質はひも状の分子が立体的折り畳まれ特有な構造(立体構造)を形作ることで機能を発揮すると考えられてきた。しかし近年、自発的には立体構造をとらない分子が、環境により様々に形を変えることで機能を発揮する例、天然変性タンパク質の存在が明らかとなってきた。天然変性タンパク質は研究の歴史も浅く、解らないことの多い領域であり、日々新しい知見が得られているエキサイティングな研究分野である。近年は、天然変性タンパク質の構造・機能・進化等を情報生物学の手法で明らかにすることをテーマに研究に取り組んでいる。

主な研究業績

著書

1)バイオインフォマティックス辞典、日本バイオインフォマティックス学会編、共立出版、(2006)

2)福地佐斗志「タンパク質の進化」遺伝子図鑑 国立遺伝学研究所「遺伝子図鑑」編集委員会 悠書館 (2013)

3)福地佐斗志、太田元規「天然変性タンパク質のプロミスキャスな相互作用」細胞工学 Vol.33 No.7 (2014)

論文

1) Fukuchi, S., Homma, K., Minezaki, Y., & Nishikawa, K. Intrinsically disordered loops inserted into the structural domains of human proteins. J. Mol. Biol. 355, 845-857, (2006)

2) Fukuchi S., Homma K., Sakamoto, S., Sugawara, H., Tateno, Y., Gojobori, T. & Nishikawa, K. The GTOP database in 2009: updated content and novel features to expand and deepen insights into protein structures and functions. Nucleic Acids Res., 37, D333-D337, (2009)

3) Fukuchi, S., Homma, K., Minezaki, Y., Gojobori, T. & Nishikawa, K. Development of an accurate classification system of proteins into structured and unstructured regions that uncovers novel structural domains; It's application to human transcription factors. BMC Struct. Biol., 9, 26, (2009)

4) Nishikawa, I. Nakajima, Y., Ito, M., Fukuchi, S., Homma, K. & Nishikawa, K. Computational prediction of O-linked glycosylation sites that preferentially map on intrinsically disordered regions of extracellular proteins. Int. J. Mol. Sci., 11, 4991-5008, (2010)

5) Fukuchi, S., Hosoda, K., Homma, K., Gojobori, T., and Nishikawa, K. Binary classification of protein molecules into intrinsically disordered and ordered segments. BMC Strct. Biol., 11, 29, (2011)

6) Fukuchi, S., Sakamoto, S., Nobe, Y., Murakami, D. S., Amemiya, T., Hosoda, K., Koike, R., Hiroaki, H., and Ota, M. IDEAL: Intrinsically Disordered proteins with Extensive Annotations and Literature. Nucleic Acids Res., 40, D507-D511, (2012)

7) Ota M., Koike R., Amemiya T., Tenno T., Romero R. P., Hiroaki H., Dunker K., and Fukuchi S. An assignment of intrinsically disordered regions of proteins based on NMR structures. J. Struct. Biol. 181, 29 - 36 (2013).

8) Fukuchi, S., Sakamoto, S., Nobe, Y., Murakami, D. S., Amemiya, T., Hosoda, K., Koike, R., Hiroaki, H., and Ota, M. IDEAL in 2014 illustrates interaction networks composed of intrinsically disordered proteins and their binding partners. Nucleic Acids Res. D1,D320 - D325 (2014)